Tak hanya kegiatan di dalam kelas, siswa siswi juga membutuhkan pembelajaran di luar kelas yang menyenngkan sekaligus menghibur. MTSN 6 mewadahi siswa siswi kelas 9 mengikuti study tour ke berbagai tempat di Jawa tengah diantaranya adalah pantai parang tritis, msziarah makam, dan candi Borobudur dan terakhir kawasan Malioboro. Mereka sangat antusias dan perjalanan panjang itu tak terasa melelahkan.