Adapun kegiatan ekstrakulikuler yang di selenggarakan di MTSN 6 Jombang sebagai berikut:
- KEPRAMUKAAN : Bersifat wajib bagi seluruh siswa kelas 7, 8 dan 9
- BTQ ( Baca Tulis Al- Qur’an) : Bersifat wajib bagi seluruh siswa kelas 7,8 dan 9
- PASKIBRA
- PMR
- QOSIDAH
- ALBANJARI
- BOLA VOLI
- ENGLISH CLUB
- DRUM BAND
